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Título: Landgen: um pacote R para medir e visualizar diversidade e endemismo filogenético nos ecossistemas
Título(s) alternativo(s): Landgen: an R package for measuring and visualizing diversity and endemism phylogenetic in ecosystems
Autor(es): Ciccheto, Juliana Rosa Matias
Orientador(es): Gabiatti, Naiana Cristine
Palavras-chave: Bioinformática
Biodiversidade - Conservação
Sensoriamento remoto
Bioinformatics
Biodiversity conservation
Remote sensing
Data do documento: 28-Mar-2024
Editor: Universidade Tecnológica Federal do Paraná
Câmpus: Dois Vizinhos
Citação: CICCHETO, Juliana Rosa Matias. Landgen: um pacote R para medir e visualizar diversidade e endemismo filogenético nos ecossistemas. 2024. Monografia (Especialização em Biologia Molecular) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2024.
Resumo: A biodiversidade abrange uma interação complexa entre fatores biológicos e ambientais, moldando a distribuição e evolução das espécies. A inclusão de informações espaciais nas análises de biodiversidade revolucionou nossa capacidade de estudar padrões de diversidade, revelando tendências regionais ocultas e identificando áreas importantes para a conservação. Além disso, a interseção entre Ecologia e Bioinformática tem permitido uma compreensão mais profunda dos padrões ecológicos e evolutivos por meio de abordagens filogenéticas. Este trabalho apresenta o desenvolvimento do pacote 'landgen' em linguagem R, projetado para quantificar a diversidade e o endemismo filogenético dentro de ecossistemas. O objetivo principal é fornecer suporte para a compreensão dos mecanismos subjacentes que impulsionam os padrões de biodiversidade, integrando dados filogenéticos e espaciais em análises e visualizações práticas. O pacote 'landgen' oferece quatro funções distintas para validação de dados, cálculo de métricas de diversidade filogenética e visualização de padrões espaciais de biodiversidade. Os resultados obtidos com o uso do pacote 'landgen' demonstram sua capacidade de visualizar padrões de diversidade filogenética e endemismo filogenético em um contexto espacial. Apesar das limitações, como a visualização em escalas finas, o 'landgen' tem potencial de contribuir para estudos de conservação da biodiversidade e áreas de priorização para conservação com base na diversidade filogenética e endemismo filogenético. Seu desenvolvimento contínuo e aprimoramento podem ampliar sua aplicabilidade e impacto na comunidade científica, complementando outras ferramentas existentes para análise e comparação de padrões de diversidade filogenética.
Abstract: Biodiversity encompasses a complex interaction between biological and environmental factors, shaping the distribution and evolution of species. The inclusion of spatial information in biodiversity analyses has revolutionized our ability to study diversity patterns, revealing hidden regional trends and identifying important conservation areas. Furthermore, the intersection of Ecology and Bioinformatics has allowed for a deeper understanding of ecological and evolutionary patterns through phylogenetic approaches. This work presents the development of the 'landgen' package in R language, designed to quantify phylogenetic diversity and endemism within ecosystems. The main objective is to provide support for understanding the underlying mechanisms driving biodiversity patterns by integrating phylogenetic and spatial data into practical analyses and visualizations. The 'landgen' package offers four distinct functions for data validation, calculation of phylogenetic diversity metrics, and visualization of spatial biodiversity patterns. Results obtained using the 'landgen' package demonstrate its ability to visualize patterns of phylogenetic diversity and endemism in a spatial context. Despite limitations, such as fine-scale visualization, 'landgen' has the potential to contribute to biodiversity conservation studies and prioritize conservation areas based on phylogenetic diversity and endemism. Its continuous development and improvement can expand its applicability and impact in the scientific community, complementing other existing tools for the analysis and comparison of phylogenetic diversity patterns.
URI: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/34257
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