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Título: Modelagem, integração e análise exploratória de dados públicos de mirtrons
Título(s) alternativo(s): Modeling, integration and exploratory analysis of mirtrons public data
Autor(es): Fonseca, Bruno Henrique Ribeiro da
Orientador(es): Paschoal, Alexandre Rossi
Palavras-chave: Banco de dados
Células - Mecanismos de controle
Mineração de dados (Computação)
Data bases
Cellular control mechanisms
Data mining
Data do documento: 14-Set-2018
Editor: Universidade Tecnológica Federal do Paraná
Câmpus: Cornelio Procopio
Citação: FONSECA, Bruno Henrique Ribeiro da. Modelagem, integração e análise exploratória de dados públicos de mirtrons. 2018. 77 f. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) – Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 2018.
Resumo: MicroRNAs (miRNAs) são uma das classes de RNAs não-codificantes (ou do inglês non-coding RNA - ncRNAs) mais estudadas na literatura. Essa classe de pequenos ncRNAs atua no controle celular de diversos processos biológicos, por meio de seu papel regulatório pós-transcricional nos níveis de RNA mensageiro na célula. Em geral, para que miRNAs tornem-se maduros e aptos a executar seu papel regulatório, é necessário que duas clivagens ocorram em sua biogênese canônica. Estudos realizados em Drosophila melanogaster e Caenorhabditis elegans descreveram uma subclasse de miRNAs que utilizam um meio alternativo à primeira etapa de sua biogênese, os chamados mirtrons. Em suma, os mirtrons utilizam o processo de splicing como alternativa à primeira clivagem, e então prosseguem as demais etapas do processo biogênico canônico. Mirtrons localizam-se em pequenos introns e são associados a diversos processos regulatórios, como o de potencial silenciador de genes causadores de doenças em vertebrados e reguladores no processo de fotossíntese em plantas. Apesar de existirem diversos estudos sobre mirtrons, seus dados estão disponíveis de maneira dispersa, sem qualquer organização ou repositório para consulta. Diferenciar comparativamente miRNAs e mirtrons permite que sejam criadas abordagens em biologia computacional capazes de auxiliar estudos biológicos em ncRNAs. Deste modo, este trabalho apresenta duas principais contribuições: (i) desenvolver um repositório amigável sobre dados públicos de mirtrons; e (ii) realizar análise exploratória de modo a comparar e investigar características capazes de distingui-los de miRNAs. Tais contribuições permitem, portanto, a inclusão de uma nova camada na compreensão sobre mirtrons, bem como nas pesquisas sobre miRNAs.
Abstract: MicroRNAs (miRNAs) are the most studied non-coding RNA class in literature. This small ncRNA class acts in cellular control of several biological processes, through its post-transcriptional regulatory role in messenger RNA levels. Overall, to miRNAs become matures and able to perform their regulatory function, two cleavages must occur in their canonical biogenesis. Studies in Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans have described a miRNA subclass that uses an alternative way to their biogenesis first stage, and they were called mirtrons. The mirtrons use the splicing process as an alternative to the first cleavage and then proceed in the canonical biogenic process. Mirtrons are located in small introns and associated with several regulatory processes, such as the potential diseases genes silencer in vertebrates and regulators in the photosynthesis process in plants. Although there are several studies about mirtrons, their data is available in a dispersed way, without any organization or repository to query. Differentiating comparatively miRNAs and mirtrons allows advances in computational biology that supporting biological studies in ncRNAs. Thus, this paper presents two main contributions: (i) to develop a friendly repository of public mirtrons data; and (ii) perform exploratory analysis to compare and investigate features capable of distinguishing mirtrons from miRNAs. These contributions allow a new layer to the understanding about mirtrons and miRNAs research.
URI: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/4507
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