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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32879| Título: | Pequenas ORFs sob o olhar da bioinformática: uma análise cienciométrica |
| Título(s) alternativo(s): | Small ORFs from the bioinformatics perspective: a scientometric analysis |
| Autor(es): | Souza, Nayane de |
| Orientador(es): | Ghisi, Nédia de Castilhos |
| Palavras-chave: | Proteínas - Síntese Bioinformática Bibliometria Proteins - Synthesis Bioinformatics Bibliometrics |
| Data do documento: | 27-Fev-2023 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Dois Vizinhos |
| Citação: | SOUZA, Nayane de. Pequenas ORFs sob o olhar da bioinformática: uma análise cienciométrica. 2023. Monografia (Especialização em Biologia Molecular) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2023. |
| Resumo: | As pequenas ORFs são regiões no genoma capazes de traduzir proteínas de até 100 aminoácidos e que por muito tempo foram consideradas lixo no processo de anotação. Entretanto, vários estudos reportaram funções fisiológicas e patológicas importantes em vários organismos e a área tem ganhado visibilidade e, consequentemente, aumento do número de dados. O uso de métodos de bioinformática possui um papel importante para identificação, predição e organização dessas pequenas ORFs e suas proteínas. Diante da relevância da análise cienciométrica para compreender o Estado da Arte e tendências em determinada área e a inexistência de tais estudos sobre pequenas ORFs e pequenas proteínas no contexto da bioinformática, realizei uma análise qualitativa e quantitativa sobre termos mais comuns, revistas de maior visibilidade, autores que mais publicam e correlações entre eles, instituições e países que se destacam e contribuem entre si. Incialmente foi realizada uma busca em duas bases de dados, Scopus e Web of Science, combinando termos relacionados a pequenas ORFs, pequenas proteínas e bioinformática e, de acordo com critérios de exclusão e inclusão pré-determinados, selecionei 82 trabalhos. A partir desses dados, foi obtido o índice H 21 que sugere uma boa relevância considerando o tamanho do conjunto analisado. Dentre os termos com maior frequência destaca-se câncer, peptídeos antimicrobianos e, curiosamente, a classe de peixes actinoperygil, apontando possíveis estudos aplicados nessas áreas. Com relação à co-ocorrência de termos destaca-se RNAs não codificantes, em especial os longos, corroborando com estudos anteriores que demonstram sua importância em diversas patologias. Por fim, as análises de autores, instituições e países mostram que este campo de estudo ainda é pouco explorado e restrito a poucas instituições e países, principalmente a China e Estados Unidos. Portanto, o aumento no número de publicações desde 2016 combinado a poucos grupos contribuindo, indicam que há espaço para que novos grupos de pesquisa ao redor do mundo possam fazer parte desta comunidade trazendo novos problemas, ideias e hipóteses, e então impulsionando o crescimento da área. |
| Abstract: | Small ORFs are regions in the genome capable of translating proteíns shorter than 100 amino acids and had been considered as trash for a long time during the annotation process. However, many studies have shown important physiological and pathological functions in several organisms and the field has been gaining visibility and, consequently, the increase of the number of data. Bioinformatics application plays an important role at the identification, prediction and organization of small ORFs and their proteins. Considering the significance of scientometrics analysis to comprehend the State of the Art and trends in a specific área, besides the lack of these studies about small ORFs and small proteins in Bioinformatics, I performed a qualitative and quantitative analysis about the most comon terms, higher visibility, authors who publish the most and correlations among them, and prominent educational affiliations and countries that contribute the most. First, I explored two databases, Scopus and Web of Science, combining and searching for terms related to small ORFs, small proteins and bioinformatics according to pre-established exclusion and inclusion criteria, 82 studies were selected for further evaluation. Bases on these data, the H-index 21 has been obtained which suggests a good relevance considering the size of this dataset, besides, among the most frequent terms the highlights are cancer, antimicrobial peptides and, curiously, the fish class actinoperygil, indicationg possible applied studies in this area. Concerning the terms co-ocurrence the ones that highlight are non-coding RNAs, especially the long ones, corroborating with previous studies which shows their importance in diferente pathologies. Finally, authors, affiliations and countries analysis indicate that this field of study is still restricted to few institutions and countries, specially the United States and China. Hence, the increase of publications since 2016 allied to few contributing groups, indicate that there is a gap so that new research teams around the world can become part of this community bringing new problems, ideas and hypothesis, and then leading to the progress in this field. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32879 |
| Aparece nas coleções: | DV - Biologia molecular |
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