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http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32980| Título: | Pipeline para extração automática de genes associados à PGPR: um estudo de caso de bactérias do gênero bacillus |
| Título(s) alternativo(s): | Pipeline for automatic extraction of genes associated with PGPR: a case study of bacillus bacteria |
| Autor(es): | Silva, Beatriz Aparecida Leopoldino da |
| Orientador(es): | Sanches, Danilo Sipoli |
| Palavras-chave: | Bioinformática Plantas - Análise Bactérias - Identificação Bioinformatics Plants - Analysis Bacteria - Identification |
| Data do documento: | 18-Ago-2023 |
| Editor: | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |
| Câmpus: | Cornelio Procopio |
| Citação: | SILVA, Beatriz Aparecida Leopoldino da. Pipeline para extração automática de genes associados à pgpr: um estudo de caso de bactérias do gênero bacillus. 2023. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 2023. |
| Resumo: | A utilização de rizobactérias promotoras de crescimento em plantas (PGPR, do inglês “Plant Growth-Promoting Rizobacteria”) tornou-se uma solução sustentável para o controle de fitopatógenos e aumento da rodutividade agrícola nas últimas décadas. Cada vez mais, é perceptível o aumento na quantidade de pesquisas nesta área e, consequentemente, também no número de novos resultados obtidos. Nesta pesquisa, foi proposto um pipeline para criar um banco de dados de genes que estão relacionados à PGPR, utilizando scripts na linguagem de programação Python com as funções do pacote Biopython e também com o software BLAST+, para auxiliar em futuras classificações, por algoritmos de aprendizado de máquina, de novas cepas de rizobactérias promotoras de crescimento em plantas. Por meio de alinhamentos de sequências de minoácidos, utilizando a ferramenta BLAST, analisa-se a presença dos genes englobados no banco de dados proposto, em genomas de rizobactérias do gênero Bacillus, classificadas pela literatura como PGPR. Com isso, é discutido o resultado encontrado e novas possíveis abordagens para pesquisas futuras. |
| Abstract: | The utilization of Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR) has evolved into a sustainable solution for phytopathogen control and increased agricultural productivity in recent decades. There is an evident surge in research in this field, resulting in a growing number of new findings. In this study, a pipeline has been proposed to establish a gene database related to PGPR. This is achieved through the use of Python scripts utilizing the functionalities of the Biopython package and the BLAST+ software. These tools aid in future classifications, by machine learning algorithms, of new strains of plant growth-promoting rhizobacteria. Through alignments of amino acid sequences using the BLAST tool, the presence of genes encompassed in the proposed database is analyzed within genomes of Bacillus genus rhizobacteria, as classified as PGPR in the literature. onsequently, the findings are deliberated upon, and potential new approaches for future research are discussed. |
| URI: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/32980 |
| Aparece nas coleções: | CP - Programa de Pós-Graduação em Bioinformática |
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